امام خمینی ره فرموده اند: «من امید داشتم که این مرحوم (حاج آقا مصطفى) شخص خدمتگزار و سودمندى براى اسلام و مسلمین باشد، ولى «لا رادَّ لَقضائِهِ وَ اِنَّ اللهَ لَغَنیٌ عَنِ العالمین.» یا «او در سنى که هست، از زمانى که من به سن او بودم، بهتر است.» شهید مصطفى خمینى در رجب سال ۱۳۴۹ هجرى قمرى، در شهر مقدس قم به دنیا آمد، داراى هوش و ذکاوت خاصى بود. داراى آثار علمى در علوم مختلف شد. نقش وى در نضج و تداوم انقلاب مهم و چشمگیر بود. سرانجام در آخرین شام مهرماه سال ۵۶ توسط حزب بعث به شهادت رسید. حضرت امام شهادت وى را از الطاف خفیه الهى برشمرد. تحصیلات مقدماتى را در قم گذراند و در سطوح عالى دروس حوزه از محضر آیات بزرگ قم در آن زمان بهره برد؛ بزرگانى چون: مرحوم آیت‌الله العظمى بروجردى؛ مرحوم آقا سید ابوالحسن رفیعى قزوینى، علامه طباطبایى و حضرت امام خمینى.در بیست و هشت سالگى به درجه اجتهاد نایل آمد و پس از نیل به این مقام، گستره تحقیقات خود را به تفسیر و کلام و فلسفه و عرفان کشاند. اهتمام و عشق او به علوم رایج و دینى، بدان پایه بود که مى‌توان وى را وراى نسبتش با امام و رویدادهاى سیاسى اجتماعى که مربوط به نهضت اسلامى مى‌شود، مورد کاوشهاى علمى قرار داد، و به طرح دیدگاههایش در خصوص مسائل فقهى، تفسیرى و کلامى پرداخت. شهید مصطفى خمینى، سیاستمدارى آگاه و فقیهى روشن‌بین بود و به حتم از استوانه‌هاى استوار انقلاب تا زمان شهادتش به‌شمار مى‌رفت. همین ویژگیها و خصایل برجسته بود که وى امید آینده اسلام نام گرفت. نام و آثارش، همیشه در فرهنگ غنى اسلام، پرآوازه خواهد بود. * ویژگیهاى عبادى، عرفانى  آیت‌الله سید مصطفى خمینى از نظر معنوى داراى جایگاه و مقام والایى بود. او از ابتداى زندگى در کنار فراگیرى علم، همواره به تهذیب نفس و اخلاق خود توجه و عنایت ویژه‌اى داشته است. اگر طلاب علوم دینى و روحانیون از این خصیصه به دور باشند و نتوانند توأم با تحصیل علوم دینى و اسلامى به تهذیب اخلاق خود بپردازند و در جهاد با نفس جدّى نباشند، احتمال موفقیتشان در اصلاح اجتماع نیز به همان حد کاهش پیدا مى‌کند. بنابراین حاج آقا مصطفى با بهره‌مندى از این ویژگى مهم، آمادگى کامل براى ورود به اجتماع و به‌عهده گرفتن نقشهاى اساسى را دارا بود. از صفات و ویژگیهاى سید مصطفى مى‌توان به دائم الذکر بودن وى اشاره کرد. یکى از دوستان او که از نزدیک با سید مصطفى و با ابعاد معنوى او آشنا بود، در این مورد مى‌گوید: در سفرهایى که با ایشان بودم و به کربلا مى‌رفتیم یا شب جمعه‌اى بود یا شب قدر، که مناسبتى داشت، پس از این‌که سوار ماشین مى‌شدیم، دو سه جمله که حرف مى‌زدیم، شروع به خواندن قرآن مى‌کرد. من هم قهراً مجبور بودم در کنار ایشان قرآن بخوانم…. هیچ گاه در غیر مورد ذکر، تسبیح در دست نمى گرداند. بسیار ذکر مى‌گفت. ذکرهاى گوناگونى هم داشت. همه‌ى آن‌ها را به یاد ندارم؛ اما ذکر «لاحول ولا قوّة الا بالله» را از او به‌خاطر دارم. جورى ذکر مى‌گفت که حالت نمایش و ریا نداشته باشد. در هنگام ذکر یا دعا هم اگر کسى صحبتى مى‌کرد، بدون این‌که به او بفهماند در چه حالى است، جوابش را مى‌داد؛ معمولاً هم با تبسم پاسخ مى‌داد. جز در هنگام بحث، دست از ذکر بر نمى‌داشت. سید مصطفى برنامه‌ى منظمى براى ساعات روز و شب داشت. برنامه‌ى عبادت؛ مباحثه، مطالعه، ورزش و تفریح ایشان اکثراً برقرار بود. شب را به عبادت و مطالعه مشغول مى‌شد و غالباً این برنامه تا اذان صبح ادامه داشت. پس از اذان، بین دو تا سه ساعت مى‌خوابیدند. پس از آن به اعمال روزانه مشغول مى‌شد. دو ساعت هم، بعد از ظهر می‌خوابیدند و بقیه‌ى روز بیدار بود. از برنامه‌هاى روزانه وى که ترک نمى‌شد قرائت قرآن بود. حتى در هواى گرم نجف، خود را مقید کرده بود که روزى یک یا نیم جزء از قرآن‌را تلاوت کند. در شیوه‌ى قرائت قرآن نیز به سبک خاصى عمل مى‌کرد و بسیار ساده و همراه با تکان دادن سر و عامیانه بود و معتقد بود که این سبک از خواندن قرآن و برخورد عامیانه با آن، نورانیتى در دل قارى قرآن ایجاد مى‌کند. انس دائمى با قرآن، در تهذیب نفس و تقویت بُعد عبادى و عرفانى وى تأثیر به‌سزایى داشت. این انس به جایى رسیده بود که در سفرها نیز خواندن قرآن‌را ترک نمى‌کرد. در نماز نیز پابرجا بود. علاوه بر نمازهاى واجب، نمازهاى مستحبى، نوافل و سجده‌هاى طولانى نیز به‌جا مى‌آورد. * سیره اخلاقى شهید سید مصطفى خمینى‌ در برخوردهاى اجتماعى و مسایل سیاسى بسیار عمیق، قاطع و دقیق بود و در موارد اصولى و ارزشى تقید وافرى داشت و به‌هیچ‌وجه مماشات، تساهل و تسامح را روا نمى‌داشت. او مصداق آیه شریفه: «اشداء على الکفار رحماء بینهم» بود؛ نسبت به علاقه‌مندان و حامیان نهضت اسلامى و حضرت امام صمیمیت، عطوفت و رافت توام با فروتنى از خود بروز مى‌داد. یکى از بزرگان مى‌گوید: «در اولین برخورد با ایشان هنگامى که به‌عنوان طلبه‌اى مبارز وارد قم شدم، حاج سید مصطفى بدون صحبت با نگاه نافذ و چهره متبسم خود نشان داد که قدردان و مشوق یک فرزند مبارز است. دستم را به گرمى فشرد و از همان لحظه اول که این شیوه برخورد را دیدم با آن‌که هنوز امام را مشاهده نکرده بودم، توانستم به عظمت و اصالت خانواده‌اى پى ببرم که چنین فرزندانى را پرورش داده است.» ولى همین بزرگوار که با دوستان چنین رئوفانه و محبت‌آمیز رفتار مى‌کرد، در برابر اشخاص مرتبط با هیأت حاکمه ایران و مخالفان قیام اسلامى و کسانى‌که نسبت به مسایل ارزشى و بنیادى اسلام متعهد و مقید نبودند، به‌شدت واکنش منفى و نفرت‌آلود نشان مى‌داد و حاضر نبود حتى یک لحظه با آنان نشست و برخاست و معاشرت داشته باشد. * موضعگیرى‌هاى سیاسى  شهید مجاهد سید مصطفى خمینى در دوران مبارزات سیاسى خود چه در ایران، چه در تبعیدگاه بورسیاى ترکیه و چه در تبعیدگاه عراق، همواره در موضع سیاسى خود، مسیر درستى را طى مى‌کرد. او از پدر بزرگوارش به‌خوبى آموخته بود که با منحرفان، فرصت‌طلبان، بى‌دینان و چپ و چپ‌نماها (مارکسیستها و دنباله‌روان آنان) نباید همسو و هم‌جهت شد. اگرچه همه این گروهها در حذف شاه هم‌فکر و هم‌عقیده بودند ولى در انگیزه‌هاى اصولى حرکت، هدفها و مسیرها متعدد بود. او در موضع اصولى خود از جاذبه و دافعه‌اى با معیارهاى اسلامى بهره‌مند بود و مى‌کوشید گروه‌هایى که جز هدف برقرارى حکومت اسلامى، هدفى دیگر را دنبال مى‌کردند با آنان سازش نکند. در راستاى همین سیاست درست بود که سید شهید با رژیم بعثى عراق همکارى نمى‌کرد. * کلامى از امام در خصوص سید مصطفى خمینى‌ امام فرمود: «من امید داشتم که این مرحوم (حاج آقا مصطفى) شخص خدمتگزار و سودمندى براى اسلام و مسلمین باشد، ولى «لا رادَّ لَقضائِهِ وَ اِنَّ اللهَ لَغَنیٌ عَنِ العالمین.» امام بسیار به ایشان اعتماد و اعتقاد داشت و در سال ۱۳۴۵ فرمود: «او در سنى که هست، از زمانى که من به سن او بودم، بهتر است.» اما این فقط اعتقاد پدرش نبود. خیلى از علما به آینده سید مصطفى امیدوار بودند. ازجمله آیت‌الله بهاءالدینى که درباره ایشان فرمود: «آیت‌الله حاج آقا مصطفى خمینى دانش‌هاى عقلى و نقلى و سیاست اسلامى و دینى را در جوانى یاد گرفته و به جایى رسیده بود که از نخبگان زمان ما، بلکه عصرها و زمان‌ها بود. درست‌گفتار و نیک‌سیرت بود. با کمال زیرکى و هوشیارى به نفوس آگاهى داشت. در انقلاب اسلامى و حوادث آن نقش بسیار ارزنده‌اى داشت.» * اهداف رژیم پهلوى در شهادت آیت‌الله سید مصطفى خمینى‌ براى این اقدام رژیم شاه مى‌توان اهدافى را برشمرد: ۱ - ضربه زدن به نهضت اسلامى و ایجاد فشار روانى بر امام خمینى. ۲ - پیشگیرى از خطرهاى آتى از سوى یک خمینى دیگر. آن‌هم جوان و پرنشاط که در آینده مشکلات زیادى را بر رژیم شاه وارد خواهدکرد. ۳ - جلوگیرى از سیاسى شدن حوزه علیمه نجف چراکه حوزه علیمه نجف با تحرکات امثال سید مصطفى خمینى به تحرکات ضد شاهى جدیدى نایل شده بود. ۴ - ایجاد رعب و وحشت در بین مبارزان که آنان عبرت بگیرند و از ترس جانشان خاموش باشند و بر ضد شاه فعالیت نکنند. * بازتاب شهادت در خارج وداخل‌ شهادت آیت‌الله مجاهد حاج سید مصطفى خمینى نه این‌که بر پیکره انقلاب و بر قاطعیت حضرت امام خمینى ضربه‌اى و خللى وارد نکرد، بلکه خود عاملى شد در جهت روند هرچه سریعتر انقلاب. به‌دنبال به شهادت رسیدن حاج آقا مصطفى در تبعیدگاه عراق، حوزه علمیه نجف و دیگر شهرهاى عراق تعطیل شد. مراسم یادبود و بزرگداشت از این فقید فرزانه در بیشتر مساجد و مدارس نجف، کربلا، سامرا، کاظمین و دیگر شهرهاى شیعه‌نشین عراق برگزار شد. در این مراسم گویندگان ایرانى و عرب از مقام و موقعیت علمى و مبارزاتى شهید سخنانى بیان داشتند. در حوزه‌هاى علمیه عراق شهادت این شهید از تبار خمینى فرصتى جدید براى بیش از پیش سیاسى شدن حوزه‌هاى علمیه را پدید آورد و طلاب علوم دینى نجف بیش از گذشته به‌سوى نهضتى که امام خمینى پرچمدار آن بود، متمایل شدند. حاصل این همه مجالس سوگوارى و یادبود شهید سید مصطفى خمینى، تشدید فعالیتهاى ضدشاهى در خارج از کشور و مطرح شدن بیشتر امام خمینى به‌عنوان سمبل مبارزه شد. به‌خصوص که آن‌حضرت با بیانى شیرین ابراز داشتند که «مرگ آقا مصطفى از الطاف خفیه الهى است.» در ایران نیز شهادت حاج آقا مصطفى فرصت خوبى را براى شتاب نهضت به‌وجود آورد. خبر شهادت او خشم و کین شدید توده‌ها را بر ضد شاه برانگیخت و شور و احساسات را فزونى بخشید. حوزه‌هاى علمیه قم، مشهد، تهران، تبریز، شیراز، اصفهان و دیگر شهرها تعطیل شد. * ایجاد امواج خروشان بعد از شهادت‌ در هنگام تشییع جنازه پیکر آیت‌الله سید مصطفى خمینى، بازار نجف یکپارچه تعطیل گردید، در صحن مطهر حضرت امام على(ع) آیت‌الله سید ابوالقاسم خویى بر پیکر آن شهید نماز خواند و جنازه در کنار مرقد و بارگاه مقدّس حضرت مولا امیرمؤمنان(ع) به خاک سپرده شد. شب‌هنگام امام پس از زیارت حرم مطهر مولاى پرهیزکاران به سراغ مزار فرزند عارف، عالم و فداکار خود رفت و با چهره‌اى گشاده و آرام اعلام فاتحه کرد و در پایان از حاضران خواست براى مصطفایش طلب مغفرت کنند و در آن لحظه که تمامى دیدگان گریان و اشک‌ریزان بود، امام از سر قبر فرزند دل‌بندش برخاست و بدون کوچک‌ترین آزردگى و گرفتگى از حاضران تشکر کرد و از آن‌جا بیرون رفت.